head	1.1;
access;
symbols
	pkgsrc-2026Q1:1.1.0.42
	pkgsrc-2026Q1-base:1.1
	pkgsrc-2025Q4:1.1.0.40
	pkgsrc-2025Q4-base:1.1
	pkgsrc-2025Q3:1.1.0.38
	pkgsrc-2025Q3-base:1.1
	pkgsrc-2025Q2:1.1.0.36
	pkgsrc-2025Q2-base:1.1
	pkgsrc-2025Q1:1.1.0.34
	pkgsrc-2025Q1-base:1.1
	pkgsrc-2024Q4:1.1.0.32
	pkgsrc-2024Q4-base:1.1
	pkgsrc-2024Q3:1.1.0.30
	pkgsrc-2024Q3-base:1.1
	pkgsrc-2024Q2:1.1.0.28
	pkgsrc-2024Q2-base:1.1
	pkgsrc-2024Q1:1.1.0.26
	pkgsrc-2024Q1-base:1.1
	pkgsrc-2023Q4:1.1.0.24
	pkgsrc-2023Q4-base:1.1
	pkgsrc-2023Q3:1.1.0.22
	pkgsrc-2023Q3-base:1.1
	pkgsrc-2023Q2:1.1.0.20
	pkgsrc-2023Q2-base:1.1
	pkgsrc-2023Q1:1.1.0.18
	pkgsrc-2023Q1-base:1.1
	pkgsrc-2022Q4:1.1.0.16
	pkgsrc-2022Q4-base:1.1
	pkgsrc-2022Q3:1.1.0.14
	pkgsrc-2022Q3-base:1.1
	pkgsrc-2022Q2:1.1.0.12
	pkgsrc-2022Q2-base:1.1
	pkgsrc-2022Q1:1.1.0.10
	pkgsrc-2022Q1-base:1.1
	pkgsrc-2021Q4:1.1.0.8
	pkgsrc-2021Q4-base:1.1
	pkgsrc-2021Q3:1.1.0.6
	pkgsrc-2021Q3-base:1.1
	pkgsrc-2021Q2:1.1.0.4
	pkgsrc-2021Q2-base:1.1
	pkgsrc-2021Q1:1.1.0.2
	pkgsrc-2021Q1-base:1.1;
locks; strict;
comment	@// @;


1.1
date	2021.02.08.01.49.25;	author bacon;	state Exp;
branches;
next	;
commitid	LeuJXahXgOf3BQGC;


desc
@@


1.1
log
@biology/bedtools: Update to 2.30.0

Some major performance improvements
Numerous minor bug fixes and enhancements
Added a do-test target to the pkgsrc Makefile
@
text
@$NetBSD$

# Silence compiler warnings

--- src/utils/BamTools/include/SamHeader.hpp.orig	2021-01-24 16:15:06 UTC
+++ src/utils/BamTools/include/SamHeader.hpp
@@@@ -7,6 +7,7 @@@@
 #include <string.h>
 #include <api/BamAux.h>
 #include <stdlib.h>
+#include <sysexits.h>
 
 
 #ifdef WITH_HTS_CB_API
@@@@ -29,7 +30,11 @@@@ namespace htslib_future {
 		ops.cb_data = buffer;
 		samFile* fp = hts_open_callback(NULL, &ops, "w");
 
-		sam_hdr_write(fp, hdr);
+		if ( sam_hdr_write(fp, hdr) != 0 )
+		{
+			fputs("sam_hdr_rebuild: Error: sam_hdr_write() failed.\n", stderr);
+			exit(EX_IOERR);
+		}
 
 		hts_close(fp);
 
@