head 1.1; branch 1.1.1; access; symbols pkgsrc-2026Q1:1.1.1.1.0.110 pkgsrc-2026Q1-base:1.1.1.1 pkgsrc-2025Q4:1.1.1.1.0.108 pkgsrc-2025Q4-base:1.1.1.1 pkgsrc-2025Q3:1.1.1.1.0.106 pkgsrc-2025Q3-base:1.1.1.1 pkgsrc-2025Q2:1.1.1.1.0.104 pkgsrc-2025Q2-base:1.1.1.1 pkgsrc-2025Q1:1.1.1.1.0.102 pkgsrc-2025Q1-base:1.1.1.1 pkgsrc-2024Q4:1.1.1.1.0.100 pkgsrc-2024Q4-base:1.1.1.1 pkgsrc-2024Q3:1.1.1.1.0.98 pkgsrc-2024Q3-base:1.1.1.1 pkgsrc-2024Q2:1.1.1.1.0.96 pkgsrc-2024Q2-base:1.1.1.1 pkgsrc-2024Q1:1.1.1.1.0.94 pkgsrc-2024Q1-base:1.1.1.1 pkgsrc-2023Q4:1.1.1.1.0.92 pkgsrc-2023Q4-base:1.1.1.1 pkgsrc-2023Q3:1.1.1.1.0.90 pkgsrc-2023Q3-base:1.1.1.1 pkgsrc-2023Q2:1.1.1.1.0.88 pkgsrc-2023Q2-base:1.1.1.1 pkgsrc-2023Q1:1.1.1.1.0.86 pkgsrc-2023Q1-base:1.1.1.1 pkgsrc-2022Q4:1.1.1.1.0.84 pkgsrc-2022Q4-base:1.1.1.1 pkgsrc-2022Q3:1.1.1.1.0.82 pkgsrc-2022Q3-base:1.1.1.1 pkgsrc-2022Q2:1.1.1.1.0.80 pkgsrc-2022Q2-base:1.1.1.1 pkgsrc-2022Q1:1.1.1.1.0.78 pkgsrc-2022Q1-base:1.1.1.1 pkgsrc-2021Q4:1.1.1.1.0.76 pkgsrc-2021Q4-base:1.1.1.1 pkgsrc-2021Q3:1.1.1.1.0.74 pkgsrc-2021Q3-base:1.1.1.1 pkgsrc-2021Q2:1.1.1.1.0.72 pkgsrc-2021Q2-base:1.1.1.1 pkgsrc-2021Q1:1.1.1.1.0.70 pkgsrc-2021Q1-base:1.1.1.1 pkgsrc-2020Q4:1.1.1.1.0.68 pkgsrc-2020Q4-base:1.1.1.1 pkgsrc-2020Q3:1.1.1.1.0.66 pkgsrc-2020Q3-base:1.1.1.1 pkgsrc-2020Q2:1.1.1.1.0.62 pkgsrc-2020Q2-base:1.1.1.1 pkgsrc-2020Q1:1.1.1.1.0.42 pkgsrc-2020Q1-base:1.1.1.1 pkgsrc-2019Q4:1.1.1.1.0.64 pkgsrc-2019Q4-base:1.1.1.1 pkgsrc-2019Q3:1.1.1.1.0.60 pkgsrc-2019Q3-base:1.1.1.1 pkgsrc-2019Q2:1.1.1.1.0.58 pkgsrc-2019Q2-base:1.1.1.1 pkgsrc-2019Q1:1.1.1.1.0.56 pkgsrc-2019Q1-base:1.1.1.1 pkgsrc-2018Q4:1.1.1.1.0.54 pkgsrc-2018Q4-base:1.1.1.1 pkgsrc-2018Q3:1.1.1.1.0.52 pkgsrc-2018Q3-base:1.1.1.1 pkgsrc-2018Q2:1.1.1.1.0.50 pkgsrc-2018Q2-base:1.1.1.1 pkgsrc-2018Q1:1.1.1.1.0.48 pkgsrc-2018Q1-base:1.1.1.1 pkgsrc-2017Q4:1.1.1.1.0.46 pkgsrc-2017Q4-base:1.1.1.1 pkgsrc-2017Q3:1.1.1.1.0.44 pkgsrc-2017Q3-base:1.1.1.1 pkgsrc-2017Q2:1.1.1.1.0.40 pkgsrc-2017Q2-base:1.1.1.1 pkgsrc-2017Q1:1.1.1.1.0.38 pkgsrc-2017Q1-base:1.1.1.1 pkgsrc-2016Q4:1.1.1.1.0.36 pkgsrc-2016Q4-base:1.1.1.1 pkgsrc-2016Q3:1.1.1.1.0.34 pkgsrc-2016Q3-base:1.1.1.1 pkgsrc-2016Q2:1.1.1.1.0.32 pkgsrc-2016Q2-base:1.1.1.1 pkgsrc-2016Q1:1.1.1.1.0.30 pkgsrc-2016Q1-base:1.1.1.1 pkgsrc-2015Q4:1.1.1.1.0.28 pkgsrc-2015Q4-base:1.1.1.1 pkgsrc-2015Q3:1.1.1.1.0.26 pkgsrc-2015Q3-base:1.1.1.1 pkgsrc-2015Q2:1.1.1.1.0.24 pkgsrc-2015Q2-base:1.1.1.1 pkgsrc-2015Q1:1.1.1.1.0.22 pkgsrc-2015Q1-base:1.1.1.1 pkgsrc-2014Q4:1.1.1.1.0.20 pkgsrc-2014Q4-base:1.1.1.1 pkgsrc-2014Q3:1.1.1.1.0.18 pkgsrc-2014Q3-base:1.1.1.1 pkgsrc-2014Q2:1.1.1.1.0.16 pkgsrc-2014Q2-base:1.1.1.1 pkgsrc-2014Q1:1.1.1.1.0.14 pkgsrc-2014Q1-base:1.1.1.1 pkgsrc-2013Q4:1.1.1.1.0.12 pkgsrc-2013Q4-base:1.1.1.1 pkgsrc-2013Q3:1.1.1.1.0.10 pkgsrc-2013Q3-base:1.1.1.1 pkgsrc-2013Q2:1.1.1.1.0.8 pkgsrc-2013Q2-base:1.1.1.1 pkgsrc-2013Q1:1.1.1.1.0.6 pkgsrc-2013Q1-base:1.1.1.1 pkgsrc-2012Q4:1.1.1.1.0.4 pkgsrc-2012Q4-base:1.1.1.1 pkgsrc-2012Q3:1.1.1.1.0.2 pkgsrc-2012Q3-base:1.1.1.1 pkgsrc-base:1.1.1.1 TNF:1.1.1; locks; strict; comment @# @; 1.1 date 2012.09.14.17.46.23; author asau; state Exp; branches 1.1.1.1; next ; 1.1.1.1 date 2012.09.14.17.46.23; author asau; state Exp; branches; next ; desc @@ 1.1 log @Initial revision @ text @$NetBSD$ --- Makefile.orig 2009-10-10 16:00:20.000000000 +0000 +++ Makefile @@@@ -19,32 +19,32 @@@@ # --------------------------------------------------------------------- # Set this variable to either UNIX, MAC or WIN -SYS = UNIX +SYS ?= UNIX # Leave blank after "=" to disable; put "= 1" to enable WITH_R_PLUGINS = 1 WITH_WEBCHECK = 1 -FORCE_32BIT = +FORCE_32BIT ?= WITH_ZLIB = 1 -WITH_LAPACK = -FORCE_DYNAMIC = +WITH_LAPACK ?= +FORCE_DYNAMIC ?= # Put C++ compiler here; Windows has it's own specific version CXX_UNIX = g++ CXX_WIN = c:\bin\mingw\bin\mingw32-g++.exe # Any other compiler flags here ( -Wall, -g, etc) -CXXFLAGS = +CXXFLAGS ?= # Misc -LIB_LAPACK = /usr/lib/liblapack.so.3 - +LIB_LAPACK ?= /usr/lib/liblapack.so.3 +LIBDL ?= -ldl # -------------------------------------------------------------------- # Do not edit below this line # -------------------------------------------------------------------- -CXXFLAGS += -O3 -I. +CXXFLAGS += -I. OUTPUT = plink # Some system specific flags @@@@ -59,7 +59,7 @@@@ endif ifeq ($(SYS),UNIX) CXXFLAGS += -DUNIX - CXX = $(CXX_UNIX) + CXX ?= $(CXX_UNIX) ifndef FORCE_DYNAMIC CXXFLAGS += -static endif @@@@ -125,10 +125,10 @@@@ CXXFLAGS += -DWITH_R_PLUGINS HDR += sisocks.h Rsrv.h Rconnection.h config.h SRC += r.cpp Rconnection.cpp ifeq ($(SYS),MAC) -LIB += -ldl +LIB += ${LIBDL} endif ifeq ($(SYS),UNIX) -LIB += -ldl -lcrypt +LIB += ${LIBDL} -lcrypt endif endif @@@@ -151,7 +151,7 @@@@ OBJ = $(SRC:.cpp=.o) all : $(OUTPUT) $(OUTPUT) : - $(CXX) $(CXXFLAGS) -o $(OUTPUT) $(OBJ) $(LIB) + $(CXX) -o $(OUTPUT) $(OBJ) $(LIB) $(OBJ) : $(HDR) @ 1.1.1.1 log @Import PLINK 1.07 as biology/plink From Jason Bacon via pkgsrc-wip. PLINK is a free, open-source whole genome association analysis toolset, designed to perform a range of basic, large-scale analyses in a computationally efficient manner. The focus of PLINK is purely on analysis of genotype/phenotype data, so there is no support for steps prior to this (e.g. study design and planning, generating genotype or CNV calls from raw data). Through integration with gPLINK and Haploview, there is some support for the subsequent visualization, annotation and storage of results. @ text @@